Всю свою трудовую деятельность она посвятила лингвистике, где добилась значительных успехов.
Имя ученого, профессора Елены Трофимовой широко известно в научных кругах России и стран ближнего зарубежья.
В Бийском педагогическом государственном университете профессор Елена Трофимова работает с ноября 1998 года.
В 2001 году по ее личной инициативе была создана лаборатория антропоцентрической типологии языков, которая ведет экспериментальные работы по перспективным проблемам современного языкознания.
В 2003 году по инициативе профессора Елены Трофимовой была открыта кафедра восточных языков, которая готовит специалистов по китайскому языку.
Научная деятельность профессора была поддержана двумя грантами Российского государственного научного фонда (РГНФ) по темам: «Процесс вербализации звуковых и зрительных сигналов разноязычными носителями» и «Окказиональное порождение и восприятие эмотивных составляющих невербальных знаков носителями монгольского и русского языков».
Елена Трофимова входит в состав двух ученых советов по защите кандидатских и докторских диссертаций по специальности «Теория языка» и «Русский язык» при Кемеровском государственном университете и Алтайском государственном университете.
За заслуги в области образования в 2005 году она удостоена нагрудного знака «Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации».
Награждалась почетными грамотами университета, почетной грамотой комитета администрации Алтайского края по образованию.
ВК «Университет» принимает хабаровское «Динамо» 
Первокурсниками АлтГТУ им. И.И. Ползунова стали более 2,5 тысяч человек 
С медалями! Алтайский край оставил награды отличникам 
Профессор АлтГТУ имени Ползунова стал обладателем премии КНР