Оба заповедника имеют большой штат инспекторов, обеспечивающих охрану режима учреждений, которые, как оказалось, порой не очень качественно выполняют свою работу. Прокуратурой ненадлежащей была признана работа по выявлению уголовных преступлений и административных правонарушений, найдены нарушения порядка привлечения лиц к административной ответственности, вскрыт слабый контроль инспекторов за взысканием штрафов.
Так сотрудники Алтайского государственного природного заповедника при наличии в действиях правонарушителя признаков нескольких правонарушений, привлекают их к административной ответственности только за нарушение правил охраны и использования природных ресурсов на особо охраняемых природных территориях. При назначении наказаний не учитываются как смягчающие, так и отягчающие вину обстоятельства.
Многочисленные нарушения выявлены при составлении материалов административных производств - в постановлениях, и в протоколах по делам об административных правонарушениях не указывается нарушенная норма, в результате чего лица, в отношении которых возбуждаются административные дела, лишаются возможности знать, за нарушение каких правил их наказывают. Исполнение постановлений не контролируются должностными лицами, принявшими такие решения. По истечении срока уплаты административного штрафа не возбуждаются административные дела по неуплате. Материалы, за редким исключением, не направляются судебным приставам-исполнителям для взыскания неуплаченных штрафов.
Аналогичные нарушения выявлены в деятельности ФГУ «Государственный природный биосферный заповедник «Катунский». По итогам проверок в адрес руководителей учреждений внесены представления. По результатам их рассмотрения 17 инспекторов государственных природных заповедников понесли дисциплинарные наказания.